Naantalin seurakunnan toimintaryhmiä ovat diakonian, kasvatuksen, yleisen seurakuntatyön ja tavoittavan työn toimintaryhmät. Toimintaryhmät koostuvat työntekijöistä, luottamushenkilöistä sekä kunkin työalan valitsemista vapaaehtoisista. Ryhmät kokoontuvat suunnittelemaan toimintaa noin neljä kertaa vuodessa.