Päätöksenteko
Kirkkoherra johtaa seurakuntaa yhdessä seurakuntaneuvoston kanssa.
Naantalin seurakunnassa päätösvaltaa käyttää seurakuntaneuvosto, jossa on puheenjohtajan lisäksi neljätoista (14) muuta jäsentä. Puheenjohtajana toimii kirkkoherra.
Naantalin seurakunnan hallintosääntö
Nuorten vaikuttajaryhmän toimintaohje
Naantalin seurakunta muodostaa yhdessä Merimaskun ja Rymättylän seurakuntien kanssa Naantalin seurakuntayhtymän.
Seurakuntayhtymä huolehtii seurakuntien talous- ja palkkahallinnosta, kiinteistöhallinnosta, hautaustoimesta, yhteisestä viestinnästä ja ympäristötyöstä.
Seurakuntayhtymän ylintä päätösvaltaa käyttää yhteinen kirkkovaltuusto, jossa Naantalin seurakunnalla on 20 jäsentä.