Katolilaisesta luterilaiseksi

Naantalin birgittalaisluostarin varsinainen toimintakausi jäi melko lyhyeksi – noin sadan vuoden mittaiseksi. Uskonpuhdistuksen seurauksena luostari lakkautettiin, mutta luostarissa asuneet nunnat vaikuttivat yhteisössä 1500-luvun lopulle asti. Kirkon länsikuorista nunnat saivat käyttöönsä pienen kappelin. Vuonna 1628 kirkon kattorakenteet paloivat ja osa kattoholveista tuhoutui. Luostarin rakennuksia purettiin 1600-luvun alussa.

Kirkon sisätiloja alettiin vähitellen muuttaa luterilaisen seurakunnan jumalanpalveluskäytännön mukaisiksi. Kirkon itäkuorin alttarista tehtiin pääalttari ja alttaritoimitukset muilla alttareilla päättyivät. Itäalttarin takana oleva tila jäi sakaristoksi. Kuoria rajannut aita lienee jäänyt paikoilleen ja se uusittiin 1660. Vuonna 1682 kuoria pienennettiin, ja vasta 1825 kuoriaita poistettiin kokonaan.

Luterilaisella ajalla kirkkosaliin tehtiin penkkejä seurakuntalaisille. Lukupulpetti korvattiin saarnatuolilla, jonka lahjoitti sotaneuvos Henrik Fleming yhdessä puolisonsa Ebba Bååtin kanssa 1622. Koska ehtoolliselle saivat osallistua nyt myös maallikot, kuoriin rakennettiin alttarikehä.

Luostarikirkkoon oli haudattu keskiajalta lähtien, ja suurvaltakaudella kirkosta tuli monen varakkaan säätyläisen viimeinen leposija. Kirkon seinillä on säilynyt muutamia hautausvaakunoita ja hautajaismiekkoja. Naantalin ystävä kreivi Pietari Brahe lahjoitti kirkkoon taulun edesmenneen vaimonsa muistoksi.

Naantalin kirkko oli saanut vastaan ottaa vuosisatojen ajan esinelahjoituksia. Kirkkosalin ilme oli 1700-1800-luvun vaihteessa värikäs kokonaisuus keskiaikaa, renessanssia, barokkia ja kustavilaisuutta. Yleinen kiinnostus historiaa ja keskiaikaa kohtaan alkoi vahvistua 1800-luvulla, ja 1860-luvulla kirkko korjattiin uusgotiikan henkeen. Holvit rakennettiin uudelleen, nykyisistä vain luoteisholvi on keskiaikainen.